Berdirinya SMP Sains Cahaya Al-Qur’an merupakan inisiasi dari pengurus yayasan pondok pesantren Al Qur’an Buaran dan pengurus pondok pesantren Syafi’i Akrom yang merasa prihatin dengan anak-anak yang mengaji atau mondok di pondok pesantren syafi’i akrom dan sekaligus bersekolah di sekolah umum pada pagi harinya. Melihat pergaulan di sekolah umum yang semakin memprihatinkan, maka yayasan al-Qur’an Buaran berinisiatif untuk mendirikan sekolah menengah pertama yang tujuannya untuk memfasilitasi anak-anak pondok yang berusia SMP untuk diarahkan untuk bersekolah di SMP yang masih di bawah naungan yang sama, agar anak-anak tersebut bisa terpantau dan juga sekaligus untuk mencegah kenakalan remaja. Maka pada tahun 2016 pengurus yayasan pondok pesantren al-Qur’an Buaran membuat konsep mengenai SMP tersebut, dan pada akhirnya pada bulan Juli 2017 dibukalah layanan pendidikan SMP Sains Cahaya Al-Qur’an.