PPDB SMP Sains Cahaya Al-Qur’an memberikan 2 jalur seleksi, yaitu :
A. Jalur Prestasi
Jalur Prestasi diperuntukan bagi siswa dengan prestasi di bidang akademik, non akademik dan Tahfidzul Qur’an. Bagi siswa yang memenuhi kualifikasi / persyaratan pada jalur prestasi akan dibebaskan tes tertulis dan secara langsung melakukan wawancara siswa dan wali. Adapun persyaratan Jalur Prestasi sebagai berikut:
1. Jalur Akademik
Diperuntukan bagi pendaftar yang memiliki prestasi dibidang akademik di kelas minimal ranking 1-3 di kelas 4-6 SD / MI, dibuktikan dengan fotocopy/scan raport dan atau menjuarai olimpiade sains dan teknologi minimal tingkat kabupaten / kota, dibuktikan dengan foto copy sertifikat kejuaraan.
2. Jalur Tahfidzul Qur’an
Diperuntukan bagi siswa dengan prestasi Tahfidzul Qur’an (minimal 3 juz) dengan menyertakan surat keterangan tahfidz dan jumlah hafalan dari sekolah atau lembaga tahfidz yang diikuti.
3. Jalur Non Akademik
Diperuntukan bagi Pendaftar yang memiliki prestasi di bidang bahasa, seni, dan olahraga minimal tingkat kabupaten/kota, dibuktikan dengan fotocopy/scan sertifikat kejuaraan.
B. Jalur Reguler atau Mandiri
Pada jalur ini akan dilaksanakan di SMP Sains Alqur’an secara mandiri meliputi: